Ο Σύλλογος Αποφοίτων του Μουσικού Σχολείου Θεσσαλονίκης ιδρύεται την 15η Απριλίου του 2004 από 38 ιδρυτικά μέλη και αρχίζει την δράση του από την 9η Μαρτίου του 2005, ημέρα κατά την οποία πραγματοποιείται η πρώτη Γενική Συνέλευση με θέμα την ανάδειξη των πρώτων διοικητικών οργάνων του Συλλόγου (Διοικητικού Συμβουλίου και Εξελεγκτικής Επιτροπής).
Σχετικά με την ίδρυση του Συλλόγου γίνονται αρκετές προσπάθειες από το 1999 οι οποίες δεν αποδίδουν, ώσπου το 2002, έπειτα από πολλές συζητήσεις πέντε απόφοιτοι του έτους 2001, ο Βαρσακέλης Χρήστος, ο Γεωργιάδης – Φίλικας Κωνσταντίνος, ο Κονιτόπουλος Ιάκωβος, η Μπαλάσκα Ξένη και ο Σπανουδάκης Δημοσθένης, με συντονισμένες ενέργειες και με την βοήθεια της Διεύθυνσης του Μ.Σ.Θ. καταφέρνουν να οργανώσουν μια συνάντηση στη σχολική βιβλιοθήκη «Κωνσταντίνα Κιατύπη». Στην πρώτη αυτή συνάντηση συγκεντρώνονται αρκετοί απόφοιτοι και γίνεται ευρεία συζήτηση για την ίδρυση του Συλλόγου. Ακολουθεί και δεύτερη συνάντηση στο αμφιθέατρο του Μ.Σ.Θ., αυτή τη φορά με την παρουσία δικηγόρου, του κυρίου Σίμογλου, κατά τη διάρκεια της οποίας γίνεται ανάγνωση και διόρθωση του καταστατικού και ορίζεται προσωρινή διοικητική επιτροπή. Μετά την ολοκλήρωση των απαιτούμενων νομικών ενεργειών το καταστατικό παραλαμβάνει το προσωρινό διοικητικό συμβούλιο το οποίο συγκαλεί την πρώτη Γενική Συνέλευση του Συλλόγου.
Στις πρώτες αρχαιρεσίες του Συλλόγου, οι οποίες πραγματοποιήθηκαν την 9η Μαρτίου του 2005, εκλέχτηκε το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο του Συλλόγου. Την ίδια χρονιά ξεκίνησε η συζήτηση για τροποποίηση του Καταστατικού του Συλλόγου, η οποία αποφασίστηκε το 2007 και η διαδικασία αυτή ολοκληρώθηκε στις 30/6/2009. Το 2006 υιοθετείται το λογότυπο και δημιουργείται η ιστοσελίδα του Συλλόγου. Παράλληλα πραγματοποιείται τελετή αποφοίτησης, η πρώτη μετά το 1998 και ξεκινάει η συλλογή από το Σύλλογο υλικού από εκδηλώσεις του Μ.Σ.Θ. για τη δημιουργία ψηφιακού αρχείου.
Στις 15 Απριλίου του 2009 δημιουργείται και αποστέλλεται για πρώτη φορά το ενημερωτικό δελτίο του Συλλόγου που σαν στόχο έχει να αναβαθμίσει την επικοινωνία με τα μέλη του.
Το Σεπτέμβριο του 2011, ο Σύλλογος αναλαμβάνει μαζί με την καθηγήτρια του Μ.Σ.Θ. κ. Ευαγγελία Μητσοπούλου (ύστερα από απόφαση του Συλλόγου Διδασκόντων Μ.Σ.Θ.) τη δημιουργία της νέας ιστοσελίδας του σχολείου που ξεκινάει τη λειτουργία της τον Νοέμβριο του 2011 στη διεύθυνση lyk-mous-thess.thess.sch.gr. Συνοδοιπόροι σε αυτήν την προσπάθεια, μέλη του Συλλόγου -ιδιατέρως ο Γεωργιάδης – Φίλικας Κωνσταντίνος- αφιερώνουν τον ελεύθερο προσωπικό τους χρόνο για το σχεδιασμό. Το Νοέμβριο του 2013, ο Σύλλογος μεταφέρει την ιστοσελίδα στη σημερινή διεύθυνση. Από το 2011 – 2014, παρέχει κάθε είδους τεχνική υποστήριξη της ιστοσελίδας.
Το Νοέμβριο του 2014, ο Σύλλογος εξοπλίζει 5 αίθουσες διδασκαλίας του Μ.Σ.Θ. με πίνακες μαρκαδόρου.
Στις 7 Νοεμβρίου του 2014 μετά από μια δεκαετία προσπαθειών, η Γενική Συνέλευση του Συλλόγου αποφάσισε την διάλυσή του