Το πρόγραμμα σπουδών του Μουσικού Σχολείου Θεσσαλονίκης για τις τρεις τάξεις του Γυμνασίου και του Λυκείου περιλαμβάνει μαθήματα γενικής παιδείας, μουσικής και καλλιτεχνικών τα οποία διδάσκονται στις 42 ώρες λειτουργίας του σχολείου εβδομαδιαίως.
Από το σχολικό έτος 2020-2021 τίθεται σε εφαρμογή το Ωρολόγιο πρόγραμμα των Μουσικών Σχολείων σύμφωνα με το ΦΕΚ 3523 – 2020
Από το σχολικό έτος 2011-2012 εισάγονται στην Α’ τάξη του Λυκείου και οι ερευνητικές εργασίες (Project) ως διακριτή ενότητα στο πρόγραμμα σπουδών. Αργότερα μετονομάστηκαν σε Ερευνητικές Δημιουργικές Δραστηριότητες και το 2020 καταργήθηκαν με το νέο Πρόγραμμα Σπουδών.