Το κυρίως κτίριο του Μουσικού Σχολείου Θεσσαλονίκης περιλαμβάνει υπόγειο χώρο, ισόγειο και πρώτο όροφο.
Αποτελείται από αίθουσες χωρητικότητας 16 – 24 μαθητών για τη διεξαγωγή των γενικών μαθημάτων και των θεωρητικών μαθημάτων ευρωπαϊκής και βυζαντινής μουσικής.
Στις παραπάνω αίθουσες συμπεριλαμβάνονται:
- τα εργαστήρια πληροφορικής, φυσικών επιστημών και εικαστικών
- αίθουσες θεωρητικών μαθημάτων μουσικής παιδείας
- αίθουσα χορωδίας
- αίθουσα ορχήστρας
Η διδασκαλία των ατομικών μουσικών οργάνων διεξάγεται σε μικρές αίθουσες των 12 τ.μ. περίπου.